Mysz domowa kopie długie i proste korytarze płytko (20-30 cm) pod ziemią, a gniazda zakłada pod korzeniami drzew, na miedzach, w stertach, w budynkach mieszkalnych i gospodarskich. Do gniazda w ziemi prowadzą zwykle 2-3 chodniki. Ciąża trwa 19-21 dni. Samica rodzi 7-8 razy w ciągu roku (czasem nawet do 10 razy) po 4-16 młodych. Młode karmi mlekiem przez 25 dni. Młode osiągają dojrzałość płciową w wieku 2-3 miesięcy (często po 42 dniach). Mysz domowa żyje do 2 lat, ale najczęściej 9-12 miesięcy.
Mysz żeruje głównie w nocy, ale również można ją zobaczyć za dnia. Jest wszystkożerna. Zjada pokarm roślinny i zwierzęcy. Jest pospolitym szkodnikiem w stogach, w stodołach, przechowalniach, domach. Żywi się owadami, ziarnem zbóż, kukurydzy, warzywami, owocami, zapasami żywności w magazynach i spiżarniach. Nie gromadzi zapasów, dlatego występuje w miejscach bogatych w pokarm. Na miejscu żeru można znaleźć charakterystyczne drobne odchody. Wydziela specyficzny, wszystkim dobrze znany mysi zapach. Zapach ten pozostawia samiec znakując swoje terytorium moczem.
Mysz domowa jest bardzo żarłoczna, zjada bardzo dużo produktów żywnościowych, a dziesięć razy więcej zanieczyszcza, czyniąc niezdatnymi do spożycia. Występując w naszych mieszkaniach przegryza opakowania, ubrania, wyroby ze skór, książki i z resztek buduje swoje gniazda.