Szczur wędrowny jest bardzo pospolity w całej Polsce. Wyróżnić można jego populacje zasiedlające doliny rzek, wilgotne starorzecza i zlewiska oraz populacje przechodzące na okres wegetacyjny z domostw na pola uprawne i brzegi rzek. W budynkach mieszkalnych i gospodarskich najchętniej zajmują zaciszne miejsca w piwnicach, pod podłogami oraz w kanałach i urządzeniach kanalizacyjnych. Szczury zakładają gniazda w zacisznych kryjówkach zabudowań (piwnice, rury kanalizacyjne) lub w glebie na głębokości do 40-50 cm. Nory poszczególnych osobników są połączone korytarzami. Na powierzchni wydeptane ścieżki łączą otwory wylotowe nor. Przed otworami nor nie spotyka się kopczyków ziemi. Na zimę przenosi się z pól, sadów i ogrodów do zabudowań, chociaż może zimować również w polu.
Ciąża u szczura wędrownego trwa 21-23 dni. Samica rodzi najczęściej 3-6 razy w roku po 7-8 (nawet do 12) młodych. Dojrzałość płciową osiągają one w wieku 3-4 miesięcy. Żyją 3-4 lata, ale najczęściej 12-18 miesięcy.
Szczury są bardzo ruchliwe, aktywne w ciągu całej doby, głównie jednak nocą. Wiosną wędrują zwierzęta w różnym wieku, a jesienią przeważnie osobniki młode. W ciągu doby mogą pokonać odległość 600 m, a w ciągu roku – 20 km. Są bardzo ostrożne. Przemieszczają się nocą w grupach po kilkanaście lub kilkadziesiąt osobników, rzadko pojedynczo, zachowując się cicho. Szczur wędrowny dobrze pływa i nurkuje, ale gorzej się wspina.
Szczur przystosowuje się do każdego pożywienia. W polu żywi się przede wszystkim soczystymi roślinami, zjadając podziemne i nadziemne ich części. Powoduje znaczne szkody w uprawach, szczególnie w inspektach, szklarniach, sadach i szkółkach. Nie gardzi też mięczakami, rakami, rybami, żabami, pisklętami, jajami, drobnymi ssakami oraz padliną. Znane są przypadki atakowania przez nie żywych zwierząt. Stwierdzono, że świniom wygryzały dziury w ciele, a gęsiom stłoczonym w stada wyżerały błony pławne.
Szczur wędrowny nie gromadzi zapasów na zimę. Pożywienie wyszukuje w pobliżu nory. Na miejscu żeru pozostawia niedojedzone resztki, mocz, liczne odchody i odciśnięte ślady stóp.